多个分厂确实会影响IATF16949认证费用，这主要体现在以下几个方面：

1. 审核范围与工作量

• 审核范围扩大：当企业拥有多个分厂时，IATF16949认证的审核范围将覆盖所有分厂，这意味着审核的工作量会显著增加。认证机构需要派遣更多的审核员，花费更多的时间来审核各个分厂的运营情况，以确保它们均符合IATF16949标准的要求。

• 审核难度增加：多个分厂可能涉及不同的产品类型、生产工艺和管理体系，这增加了审核的复杂性和难度。审核员需要深入了解每个分厂的具体情况，并进行全面的评估，这也会增加审核费用。

2. 资源配置与成本

• 人力资源：为了完成多个分厂的审核工作，认证机构需要调配更多的审核员和专家资源。这些人力资源的成本将直接反映在认证费用上。

• 时间成本：多个分厂的审核需要更长的时间来完成，这会导致认证机构的时间成本增加。为了弥补这部分成本，认证机构可能会相应提高认证费用。

3. 认证机构的选择与策略

• 机构选择：不同的认证机构在收费标准和服务质量上可能存在差异。一些认证机构可能会根据企业的规模和复杂程度来制定不同的收费标准，因此多个分厂的企业可能会面临更高的认证费用。

• 服务策略：一些认证机构可能会提供额外的服务或优惠来吸引客户，如提供培训、咨询等增值服务。然而，这些服务可能会增加认证费用，因此企业需要仔细评估这些服务的价值和必要性。

4. 其他因素

• 地理位置：如果多个分厂分布在不同的地理位置，认证机构可能需要支付额外的交通和住宿费用。这些费用也会增加认证的总成本。

• 企业配合度：企业的配合度也会影响认证费用。如果企业能够积极配合认证机构的审核工作，提供准确、完整的资料和信息，将有助于减少审核过程中的不必要的麻烦和费用。

综上所述，多个分厂确实会增加IATF16949认证的费用。企业在申请认证前需要充分考虑这一因素，并制定相应的预算和计划。同时，企业也可以通过优化内部管理、提高员工素质、加强与认证机构的沟通等方式来降低认证费用。